Ajan tabanlı İş Akışları ile Otonom Ajanlar arasındaki temel fark, kontrol akışının nasıl yönetildiği ve insan katılımının düzeyinde yatar. Ajan tabanlı İş Akışlarında, insanlar genel rehberlikte, ana hedefleri tanımlamada ve iş aşamalarını denetlemede hala merkezi bir rol oynarlar. Bu modeldeki yapay zeka ajanları, insan talimatları çerçevesinde belirli, önceden tanımlanmış görevleri yerine getirirler; başka bir deyişle, adımları yazmaktan, tanımlamaktan ve genel süreç yönetiminden insanlar sorumludur. Bu yaklaşım, insan hedeflerine hizmet eden güçlü yapay zeka araçlarına daha çok benzer.
Buna karşılık, Otonom Ajanlar, başlangıçta bir hedef aldıklarında bağımsız olarak plan yapmak, alt hedefleri belirlemek, kararlar almak ve bu hedefe ulaşmak için gerekli eylemleri gerçekleştirmek üzere tasarlanmıştır. Karar verme ve yeni koşullara uyum sağlama yeteneğine sahiptirler ve kontrol akışı büyük ölçüde yapay zeka sisteminin kendisinde bulunur. Ajan tabanlı İş Akışları, belirli görevlerin otomasyonu yoluyla insan verimliliğini artırmayı vurgularken, Otonom Ajanlar minimum insan denetimi ihtiyacıyla daha karmaşık görevleri yerine getirmeyi hedefler ve yapay zeka ile etkileşimimizde daha derin bir dönüşüm potansiyeline sahiptirler.